合金装备3超详尽剧情

剧情很复杂，总体来说就是一个关于四条蛇和他们身边的人的关于战争与和平的故事。

合金装备全系列的正确顺序是

按照游戏发行顺序是：

合金装备1、合金装备2、合金装备索利德、合金装备索利德2、合金装备索利德3（MGS3，PS2）、合金装备索利德4、合金装备索利德：和平行者、合金装备索利德：原爆点、合金装备索利德5幻痛

下文先从游戏剧情内部的时间线入手，故事的发展顺序分别是：

《合金装备索利德3：食蛇者》→《合金装备索利德：掌上行动》→《合金装备索利德：和平行者》→《合金装备索利德5：原爆点》→《合金装备索利德5：幻痛》→《合金装备》→《合金装备2 ：索利德斯内克》→《合金装备索利德》→《合金装备索利德2:自由之子》→《合金装备索利德4：爱国者之枪》→《合金装备崛起：复仇》

按照游戏中世界观的时间顺序：MGS3、MGS：PW、MGS：GZ、MGS：TPP、MG1、MG2、MGS、MGS2、MGS4，以上例如本质、生存等游戏的资料片以及重制版没有算在内。

Big Boss时代
1935年,Jack出生。
CIA为应付冷战时期的形势需要，组建一支以单独潜入手段完成特殊任务的作战部队，该部队命名为FOX小队。表面上作为该部队的实战试验，FOX参与贞洁行动。
1964年8月24日贞洁行动开始。作为FOX小队的一员，化名为Naked Snake（裸蛇），Jack在汤姆上校（Major Tom）指挥下潜入Tselinoyarsk救援索科洛夫（Sokolov）。索科洛夫是苏联的科学家，研发了名为Shagohod的秘密武器却害怕它的力量，打算转投美国。Snake在行动中初次认识山猫（Ocelot）。Snake救出了索科洛夫，撤退途中索科洛夫却被The Boss抢去，Snake不敌被推下悬崖。眼镜蛇（Cobra）部队成员重聚，作为移动的导弹发射装置开发出来的Shagohod被沃尔金上校（Volgin）用直升机运走，沃尔金却以头目送来的无后座力核弹发射装置发射了一枚美国制核弹以致事态变得严重。
1964年8月30日，食蛇者行动开始，汤姆上校代号改为零（Zero）。Snake再次潜入Tselinoyarsk，任务是救援索可洛夫，摧毁Shagohod，并消灭眼镜蛇小队、沃尔金上校和The Boss。Snake结识了中国派来的间谍夏娃（Eva），以及后来登场的Metal Gear的发明者戈兰宁（Granin）。Snake从事件中了解到“贤者们的遗产”的存在，沃尔金想要拿到这笔钱。经过一番波折，Snake打败了眼镜蛇小队，消灭了Shagohod和沃尔金，并在最后决战中杀死了恩师The Boss。任务结束后，艾娃离开了他，留下的信件告诉他整个事件其实是“贤者们”在幕后操纵，The Boss不过是任务中发生意外，美国和苏联方面双方谈判决定牺牲她以证明美国清白。Snake受到政府嘉奖获得“Big Boss”称号，却决定退隐离开FOX小队。
Sokolov被Fox小队的Gene救回美国，同时带上了Granin的机器人Metal Gear设计图。Gene获得了部分“贤者们的遗产”。CIA获得Metal Gear设计图后命令Sokolov开发新型武器，命名为Metal Gear。1970年代，苏联和美国的冷战军备竞争导致双方军费大增，双方签署和平协议并开始裁减军备。CIA害怕苏联裁减军备后军力削弱会加快冷战结束而导致自己地位下降，打算将Metal Gear送给苏联以维护军事均衡。另一方面五角大楼由于CIA的地位巩固以及战略上的一些小动作感到不满，希望削弱CIA，便设计引发事端。
1970年11月2日，Big Boss被叛变的FOX小队抓获并囚禁在San Hieronymo Peninsula（实际上是五角大楼的计划），结识罗伊坎贝尔（Roy Campbell）。得知FOX小队被指派到此执行任务，却叛变并获得了政府的秘密武器Metal Gear。其首领Gene是所谓的“successor”（继承者）计划的产物，目的在于培养The Boss的继承者领导士兵。Big Boss俘虏美国及苏联士兵，组建自己的部队。行动中认识了Elisa，NULL（也就是后来的Gray Fox）等人。Elisa是贞洁行动中核弹爆炸的受害者，因此十分憎恨核弹，但同时又是一个双重性格的人，并有预知未来的能力。Elisa的另一人格驾驶Metal Gear RAXA攻击Big Boss，被Big Boss击毁。Gene却说这不过是试验品，引发士兵自残后逃去。Big Boss潜入导弹井，从敌人口中得知这次事件是CIA以及他们背后的“贤者们”策划的。在最后的控制室里，Gene打算启动Metal Gear（ICBMG）时被之前被认为已经死去了的Elisa阻止，Gene杀了她然后用备用开关启动了Metal Gear。最终Big Boss打败了Gene，Gene把用于建立“Army Heaven”的财产的胶卷交给了Big Boss，相信他日后会用到（后用于建设Outer Heaven）。但是ICBMG的启动无法停止，Big Boss与士兵一起攻击火箭，令火箭发生故障偏离航道，ICBMG在大气层中销毁。Big Boss回国，Zero也解散了Fox。
1971年，基于Fox特种部队的行动特点，Big Boss成立猎狐犬（Fox Hound）部队。同年，Big Boss在越南河内救出艾娃。
零和山猫铲除了美国方面的“贤者们”势力，利用部分“贤者们的遗产”成立了“爱国者”（The Patriots）组织，以实践头目的理念。在山猫的极力推荐下Big Boss被引荐进入爱国者，其余的成员还有艾娃、技官（Sigint）、医官（Para-Medic）。但Big Boss的理念和零日渐产生分歧。1972年，零执行“魔童计划”（Les Enfants Terribles/恐るべき子供达计划），目的是制造一个Big Boss的代替品，Solid Snake（固蛇）、Liquid Snake（液蛇）和Solidus Snake（熔点蛇）即是这个计划的产物，其中固蛇和液蛇的母亲是Eva。“魔童计划”加深了Big Boss和零的矛盾，Big Boss脱离“爱国者”，以他所理解的“The Boss的理念”建立起“无国界之军”（MSF）。零在Big Boss离开后，变得对一切都感到怀疑，不再相信别人。
1974年，冷战因美苏两国的力量平衡而暂时平静下来。带领其组建的“无国界军队”驻扎在哥伦比亚的BIg Boss和米勒（Miller），迎来了两位客人：自称是哥斯达黎加国联和平大学教授，代表政府前来谈判的盖尔维兹（Ramón Gálvez Mena），；以及名为帕姿（Paz Ortega Andrade）的学生。盖尔维兹以类似The Boss声音的录音为引诱，让Big Boss答应帮助他驱逐驻扎在哥斯达黎加的CIA资助的部队。
Snake从FSLN的阿曼达和奇可口中得知敌人基地的位置及其中的“守护神”。潜入基地的Snake遇上名为寇曼（Coldman）的CIA长官，以及二足步行兵器的开发者休伊（Huey）博士。休伊告诉Snake他开发的PeaceWalker是由AI控制的可移动核威胁力量，最大特点是可移动性以及完全理性的判断。但是PeaceWalker还有AI部分未完成。在帕姿的朋友西赛儿（Cécile Cosina Caminades）的指引下，Snake找到了AI的开发者奇爱博士（Dr.Strangelove）以及“The Boss”---由奇爱博士开发，参照The Boss的人格思考制造出的AI。一番恶斗后AI再次逃脱，Big Boss追踪AI至PeaceWalker的工场被抓住。后来他逃出来却发现PeaceWalker已经完成，未能击败PeaceWalker并让寇曼带着人质帕姿和PeaceWalker逃跑出国。
Big Boss为阻止核弹发射来到尼加拉瓜的美军基地，发现这里被苏联军队控制着。站在他面前的寇曼声称将会给PeaceWalker输入假资料，让它误以为苏联发射核弹然后对苏联展开“反击”。盖尔维兹这时候突然出现，原来他实际的名字是Vladimir Alexandrovich Zadornov，是KGB的间谍；他假意投降CIA，利用美国的技术开发PeaceWalker然后据为己有。盖尔维兹命令帕姿射死寇曼，但帕姿并不愿意这样做。盖尔维兹打伤寇曼，打算利用寇曼输入指令，将目标改为古巴，让全世界以为美国主动攻击共产主义国家并借机控制中美洲。FSLN和无国界之军及时赶到将敌人一网打尽。被俘虏的寇曼临死前启动了PeaceWalker，将假资料发送到美军司令部让美国误以为苏联发射核弹，然后让忠于任务的PeaceWalker发动反攻。Big Boss击败了PeaceWalker却无法阻止其资料传送。这时模拟The Boss的AI作出了自杀的决定，控制PeaceWalker走向大海以阻止信号传送。
回到无国界之军基地的Snake，多次出动将逃亡的盖尔维兹抓回，最后发现原来这是为了让帕姿将Metal Gear Zeke改造成可以手动驾驶所制造的空档；而后帕姿驾驶MetalGear Zeke想要毁灭无国境之军，说出自己其实是“CIPHER”派来的间谍，姓名、身分通通是伪造的；之后与Snake展开了战斗，最后帕姿战败坠海，不知所踪。之后 就是合金装备5的故事了
零利用奇爱博士的AI技术开发出“爱国者”的AI系统，并逐渐渗透控制世界经济、政治、军事等领域。Big Boss回到了美国，当上了猎狐犬（Fox Hound）的主管并暗中策划天外天国（Outer Heaven）。
1990年，David加入Fox Hound，随后因为卓越的战斗技巧被授予SNAKE称号，即之后的Solid Snake。（snake称号在组织中的地位仅此于Fox称号，得到Fox称号的为Gray Fox）
1995年，BIG BOSS所创造的天外天国（Outer Heaven）南非基地被solid snake所击毁，BIG BOSS逃亡桑给巴尔（Zanzibar）。
1999年，BIG BOSS的天外天国野望再度被粉碎，其残躯被美国回收，用以基因技术的研究，实则被爱国者用纳米机器人封存意识。其后，BIG BOSS的活死人躯体被以BIG MAMA为首的反抗组织救出，用LIQUID和SOLIDUS的身体加以修复。
2014年，爱国者系统的覆灭导致BIG BOSS的苏醒，随后死于SOLID自身携带的FoxDie病毒。
Solid Snake
某年，Grey Fox（灰狐）收养了一个在战争中失去亲人的小女孩，也就是后来的Naomi Hunter（直美·亨特）。
1990年，为SAS工作的Liquid Snake（利奎德·斯内克）在伊拉克执行摧毁移动的飞毛腿导弹发射器的任务，后宣称在任务中失踪。
1994年，利奎德·斯内克返回美国。
1995年，雇佣兵团建立的军事组织“Outer Heaven”（天外天国）逐渐浮出水面，美国方面收到情报，“Outer Heaven”正在生产一种能改变世界战局的武器。Fox Hound（猎狐犬）负责潜入任务的特工Grey Fox（灰狐）在探索任务中失去联络，在Big Boss指挥下Fox Hound成员Solid Snake（索利德·斯内克）负责继续追查该事件，在基地中发现代号为Metal Gear TX-55（合金装备TX-55）的武器并发现幕后主脑正是Big Boss。最后他击败Big Boss，炸毁了Metal Gear TX-55并逃出“Outer Heaven”。
1997年，中东发生军事叛乱，Zanzibar（桑给巴尔岛）立国。
1999年，Kio Marv（基奥·马尔夫）博士发明了炼制高度纯净的天然石油的微生物“OILIX”，却被Zanzibar绑架。Solid Snake在Fox Hound指挥官Roy Campbell（罗伊·坎贝尔）的指挥下潜入Zanzibar，却发现Zanzibar的领导者竟然是失踪了的Grey Fox。最后他打败了Grey Fox，机器人Metal Gear D（合金装备D）和曾被认为在前次事件中被击败的Big Boss。任务结束后Solid Snake退休居住在阿拉斯加。Big Boss成为植物人，被Zero“保管”起来。（在《合金装备4》推出之前，Big Boss被设定为已死，尸体被保存起来）。Gray Fox则被救回，身体被改造为机械忍者。
2000年，Liquid Snake加入Fox Hound，成为地面作战分队的首领。Naomi Hunter加入Fox Hound的医疗小组，并开始了在士兵身上的DNA理论研究和实验。
2003年，Dr.Clark（即Para-Medic，FOX-HOUND的医疗组长）死于想要逃跑的Gray Fox制造的实验室爆炸中。Naomi Hunter掩盖了事实并接手Dr.Clark的工作。
2005年2月底，Shadow Moses（影子摩西）岛上做演习的Metal Gear被叛乱的Fox Hound队员夺走，借以勒索美国政府。Solid Snake再次被召回执行任务。Snake潜入基地，认识了Otacon和Campbell的侄女（实际上是女儿）Meryl（梅丽尔）。他发现军方秘密开发的是Metal Gear的最新型号REX。作为叛乱的主脑，Liquid Snake打算利用Metal Gear威胁政府交出赎金和Big Boss以研究解决自己DNA缺陷的方法。Snake途中遇上成了改造忍者的Grey Fox，Meryl则在战斗中被敌人俘虏。Snake后来也被俘获，后被Grey Fox救出。Snake潜入地下基地，Grey Fox牺牲自己帮助Snake击败REX，Liquid也被Snake打败（这里有两种结局，救出Otacon或者救出Meryl）。Liquid在最后的追击战中死于Fox-die，其手臂后来被移植到Ocelot（山猫，THE BOSS之子）的断臂上。而Fox Hound也被遣散。
2005年3月：George Sears（Solidus、索利达斯）辞去了美国总统的职务，他被James Johnson取代（实情是他被迫辞职）。
2006年，Solid Snake和Otacon组成了NGO“Philanthropy”，目的是阻止Metal Gear的生产及发展。
2007年4月30日：Jack（Raiden、雷电）和Rose（露丝）第一次见面。8月8日，U.S.S. Discovery（探索）号事件（曼哈顿外海油轮沉没事件）发生。当时Snake打算潜入油轮获得新的Metal Gear Ray的情报并公之于世，但途中苏联佣兵团进入油轮打算抢回Ray，爱国者派来的Ocelot（山猫）趁机开枪打死佣兵团团长并夺走了Ray，并将事件责任嫁祸给Snake。油轮在战斗中沉没，对外公开消息指Snake已死。
2008年4月，特种部队DeadCell的成员Chinaman和Old Boy在意外中身亡（根据访谈，这两个角色原本设定为游戏《合金装备2》中出现，后戏份被删，其技能也延续到其他角色如Vamp（梵普、吸血鬼）身上）。
2009年：在名义上负责清理曼哈顿外海上沉没的油轮造成的油污而建成的Big Shell（大贝壳）工场里，总统James Johnson被恐怖分子，也就是原来的特殊部队DeadCell成员挟持，Raiden作为“Fox Hound”的成员前去营救总统，再遇被认为在2年之前已经死去的Snake。在任务中他发现恐怖分子的目的并不在于赎金，而是工场下面的超级武器“Asenal Gear”。总统James Johnson被Ocelot杀死。Otacon随同Snake营救他的妹妹Emma，一方面是因为她有阻止Asenal Gear的电脑病毒，另一方面是出于个人感情。Raiden途中遇到恐怖分子首领Solidus，他自称自己的计划叫“自由之子”，以向纽约发射核弹来阻断爱国者的发射信号。后来Emma被杀，Snake通过“俘虏”Raiden得以潜入Asenal Gear，并和Raiden一起杀出一条血路。Raiden击败了数台Metal Gear Ray，最终不敌。这时候Emma的病毒生效，Asenal Gear停止运作。在场人员被Ocelot告知所有一切都不过是“爱国者”背后操纵的一场演习。Asenal Gear撞向纽约，Raiden在华盛顿纪念堂屋顶上打败Solidus。
之后Raiden从“爱国者”手上救出Ogga的女儿Sunny，交由Snake和Otacon收养。Rose被释放，和Raiden一起生活，但Raiden得知自己的儿子流产了（实际上是Rose故意隐瞒）后整日酗酒，Rose离开Raiden改嫁Roy，而Roy和Rose这么做其实是为了保护她和Raiden的儿子小John ，免受“爱国者”侵害，而Roy上校则是牺牲了自己的名誉来保护他们。后来Raiden被爱国者抓到并进行了与Grey Fox相同的改造，将其改造成了一个比Grey Fox还要强的机械忍者。不甘被控制的Raiden在某次任务中逃了出来，并遇上了Big Mama（EVA、）领导的反抗组织并加入其中，而Raiden帮助Big Mama夺取Big boss，最终与Snake再非洲再次相遇。在Snake与Liquid的决战后Rose带着小John来看望已经痊愈的Raiden并告诉了他真相，Raiden与小John相认也与Rose重归于好。
2014年：战争已经转由专业的PMC（私人雇佣兵）参与，PMC全部安装以Nano machine组成“SOP系统”（Sons of the Patriots，以Big Shell事件收集的数据构建的系统），以降低战争成本及控制士兵情感。Liquid Ocelot组建了最大的雇佣兵组织，并策划完全控制“爱国者”AI系统。另一方面，Snake由于基因缺陷出现早衰，却决定再次投入阻止Liquid的战斗中。Snake在战场上重遇Naomi、Meryl以及改造成忍者身体的Raiden。通过重重波折，Snake找到了自己的亲生母亲Eva，得知“爱国者”的真相，却亲眼看着她死去。Liquid得手控制了“爱国者”的部分机能。Naomi以出卖Snake等人为代价，在Liquid那里获得消灭“爱国者”的办法，最终放弃Nano machine的保护死去。Snake潜入Outter Haven，用电脑病毒破坏了“爱国者”AI系统。最后从Liquid口中得知他其实只是Ocelot，不过是用药物及心理暗示扮成Liquid Snake。他本来的目的就是打算破坏“爱国者”建立新的世界体制。Snake与Liquid Ocelot决战，将其击败。Snake在墓园遇见通过手术复生的Big boss以及还在世的Major Zero，两人与Snake对话后死去。意识到自己不久于人世的Snake决定和Otancon环游世界。